Licencias médicas en 2026: qué cambió y qué le toca al empleador en la nómina

Las licencias médicas están en el centro de la agenda desde 2025. La Ley 21.746, publicada el 24 de mayo de 2025, cambió las reglas para emitirlas, y en 2026 se discute un proyecto que fijaría dos días sin pago en toda licencia. Para la nómina, lo importante es distinguir qué cambió en la emisión, qué sigue igual en el pago y qué todavía es proyecto.

6 fuentes oficiales enlazadas · Verificado el 7 de octubre de 2026Ver fuentes

Qué cambió con la Ley 21.746

• Licencia electrónica como regla general: solo se puede emitir en papel por falta de medios tecnológicos o de conectividad, o si la COMPIN lo autorizó previamente. La emisión electrónica ya era obligatoria desde 2021; la Ley 21.746 dejó las excepciones en la ley.
• Requisitos para quien emite: solo médicos cirujanos, cirujanos dentistas y matronas inscritos en el Registro Nacional de Prestadores Individuales de Salud. Los médicos titulados o con título revalidado desde el 19 de abril de 2009 deben además tener el EUNACOM aprobado. Ese último requisito se exige desde el 24 de mayo de 2026.
• Respaldo de cada licencia: debe existir una consulta de salud documentada, y la COMPIN puede pedir esos antecedentes.
• Sanciones para los profesionales que emitan licencias sin fundamento: suspensión de hasta 180 días y multa de hasta 140 UTM, que suben con cada reincidencia hasta la suspensión perpetua, la cancelación en el Registro y una multa de hasta 600 UTM.

Lo que le toca al empleador

1. 01Tramitar la licencia. Completar la sección del empleador y enviarla dentro de los tres días hábiles siguientes a su recepción. Con las licencias electrónicas, esto se hace en la plataforma.
2. 02Descontar los días en la nómina. Los días con licencia no se pagan como remuneración: el trabajador recibe un subsidio por incapacidad laboral que paga la isapre o, si está en Fonasa, la caja de compensación de la empresa o, si no hay caja, la COMPIN/Fonasa.
3. 03Informar el movimiento. La licencia se declara como movimiento de personal (subsidio) en la declaración de cotizaciones, y los días se registran en el Libro de Remuneraciones Electrónico (campo 1116, "Número días de licencia médica en el mes").
4. 04Revisar lo pactado. Si el contrato o un convenio colectivo obliga a la empresa a cubrir días que el subsidio no paga, define antes de la primera licencia cómo se registra ese pago en la liquidación.

Una licencia mal informada no solo descuadra el mes: deja al trabajador con días sin sueldo y sin subsidio mientras se corrige.

Lo que todavía es proyecto: la carencia de dos días

Hoy, en las licencias de 10 días o menos, el subsidio se paga desde el cuarto día. El proyecto en discusión propone que los dos primeros días de toda licencia no se paguen, igual para el sector público y el privado. El proyecto (boletín 17.678-11) sigue en primer trámite en la Comisión de Salud del Senado. En 2026 esa comisión pidió a la Comisión de Constitución un pronunciamiento sobre la constitucionalidad de algunos artículos, que llegó en agosto con votación dividida. Después debe pasar por la Comisión de Hacienda. Mientras no se publique, la regla vigente es la actual.

En resumen

La Ley 21.746 cambió cómo se emiten las licencias, no cómo se pagan: el empleador sigue tramitando dentro de tres días hábiles, descontando los días e informando el movimiento. La carencia de dos días todavía es proyecto. Para ver cómo se ordenan estos cambios junto con los demás de 2026, revisa el calendario de cambios en remuneraciones.

Preguntas frecuentes

Contenido de orientación general; no constituye asesoría legal para un caso particular.